阴茎上起水疱最有可能的原因是感染生殖器疱疹，又称为阴茎疱疹，由人类疱疹病毒2型导致。通常感染生殖器部位，多数人有一周以内的潜伏期。生殖器部位会出现细密红斑，在红斑基础上产生小水疱，继而变成脓疱。大约一周水疱破溃，形成浅表溃疡。部分患者出现生殖器疼痛、腹股沟区疼痛、淋巴结肿大、轻微发热等表现。
生殖器疱疹通常通过性接触传播，属于性病，少数人可通过毛巾、卫浴用品、洁具等而间接传染，如果不经治疗大多数人三周左右疱疹可能自愈，但可能反复发作，所以应积极治疗，因为不仅危害自身健康，也有可能传染给性伴侣或者配偶。治疗方法需口服抗病毒药物，配合抗病毒软膏外涂，由于属于病毒感染并无特效药物，所以部分患者可能复发，应积极坚持治疗。