食道溃疡所要服用的药物要依据病因进行选择，不同病因用药选择不同，具体如下：
1、胃酸反流：属于常见导致食道溃疡的原因，要用抑酸加保护黏膜的药物，如质子泵抑制剂类的抑酸药物，如雷贝拉唑、泮托拉唑、奥美拉唑等，保护胃黏膜的药物如铝碳酸镁、铝镁加、替普瑞酮等。通过治疗后食道溃疡可以得到缓解，甚至完全愈合；
2、食道结核：需要标准地进行抗结核治疗，而且要足疗程使用，才能使食道溃疡愈合；
3、克罗恩病：某些克罗恩病患者以食道溃疡为主要临床表现，此时药物选择要针对克罗恩病，不同病期或不同病情所选择的药物不同 ，如可以选择美沙拉嗪之类药物，激素、免疫制剂、生物制剂等药物也可以进行选择。