这两种药物都是用于改善男性的性功能障碍，在适应症、作用机理方面基本上没有较大区别，存在的主要区别在于药物代谢和作用时间，他达拉非属于长效药物，而西地那非属于短效药物。两种药物属于磷酸二酯酶抑制剂，都是通过作用于相应的酶，从而增强一氧化氮的释放，使更多血液流入阴茎，从而改善勃起功能障碍。
这两种药物的主要区别在于代谢时间方面，他达拉非属于长效药物，此药物的半衰期可以长达17个小时，因此作用时间也比较长，一般能在2-3天内都具有一定的治疗作用。西地那非属于短效药物，此药物的半衰期只有4个小时，只有在较短时间内能够发挥治疗效果。两种药物都要求在有性刺激的条件下，才能发挥其治疗效果，并且一般也要求在性刺激、性生活发生前的至少半小时服用，可以给药物起效的时间，让其更好发挥改善勃起功能障碍的作用。
总之，他达拉非和西地那非的作用机理与临床应用没有明显的区别，主要区别在于药物代谢和作用时间。