胃旁路手术作为减重手术而言，并发症发生率很小，甚至比腹腔镜胆囊切除并发症发生率更小。该手术从1951年开始实施，已经证明属于安全有效的手术。但任何手术均存在风险，故应该在大的中心由有经验的医生操作，同时选择好适应证。
手术需将胃切成胃小囊，再将小肠断掉后远端接上，重新再接肠子，然后形成胃旁路，接口破裂后容易出现瘘。此外，肠子接完后可能出现不通的情况，即所谓的消化道梗阻。胃旁路术后还可能出现吸收减少、食物摄入减少，导致后期营养不良、营养不良性贫血。但总体而言，并发症的风险很小，完全可以接受，尤其对于合并病态肥胖、合并2型糖尿病的患者，为非常好的选择。