孕妇吃桉柠蒎肠溶软胶囊可能会有副作用。桉柠蒎肠溶软胶囊是通过改善气管黏膜纤毛运动，促进呼吸道腺体分泌，并增加黏液的移动速度而发挥祛痰作用的黏液溶解性祛痰药，是可以帮助有呼吸道疾病患者排出痰液的药物。
由于并没有靶向性或选择性，桉柠蒎肠溶软胶囊药理作用会影响到全身的各个器官，因此可能会出现治疗目的以外的药理作用，即副作用，包括偶有胃肠道不适，以及过敏反应，比如皮疹、面部浮肿、呼吸困难和循环障碍，但这些副作用都是少见，而且很轻微，通常患者可以继续服用。
如果出现了严重的恶心、胃痛、呕吐、皮疹，甚至呼吸困难等副作用，建议孕妇立刻停药，通过血常规或尿常规等检查来查看孕妇的健康情况，并且在医生的指导下更换其他相对安全的祛痰药，比如中药陈皮、枇杷叶等。由于目前没有相关的孕妇对照数据，并且桉柠蒎肠溶软胶囊可能会有副作用，建议孕妇不要自行服用，而是在需要的情况下遵医嘱服用，如果在服用期间有不舒服，一定要及时就医，以免延误病情，影响胎儿。