牙肉肿痛一般不能自愈，首先需要明确肿痛的原因，因为牙齿本身病变还是因为牙周组织病变引起，还是因为牙龈病变引起，需要分开处理，因为牙齿病变引起，可能牙齿治疗结束以后牙龈肿痛可以恢复。
如果是牙周病，也要通过牙周炎治疗或者牙周病的治疗，慢慢使牙龈肿痛逐渐通过局部治疗，或抗生素全身治疗恢复，但如果是牙龈肿瘤或者是牙龈本身引起病变，通过外科的干预才能慢慢恢复，一般很难自愈。
对于有明确的全身性用药，如高血压用药会引起牙龈增生，停药以后或换药以后可能会慢慢恢复，但 一般很难自愈，除非病因得到治疗，其可以慢慢恢复。