喉咙疱疹最多见的就是疱疹性咽峡炎，是由于柯萨奇病毒和肠道病毒引起的一种急性呼吸道的传染性疾病。病人通常是在6岁以下的儿童，成年人可以散发。病人的临床表现主要是有发热，少数病人可以出现高热、恶心、呕吐、咽痛以及咽峡部的疱疹。
咽痛通常会影响进食，咽峡部的疱疹一般在1-2天疱疹形成破裂，一般1周可以痊愈。病人的治疗首先要注意隔离，因为是一种呼吸道传染性疾病，所以病人用过的物件及吃过的食物要进行严格的处理。
对于疱疹性咽峡炎病毒没有特异性的抗病毒治疗，可以在医生的指导下用利巴韦林进行治疗，同时应用干扰素进行局部的雾化或者喷入，通常这个疾病在1周左右可以痊愈。少数病人由于疾病比较重而引起了并发症，如脑膜炎、心肌炎等，可以造成很严重的危险，引起死亡。