肛周脓肿恢复快慢与手术切口大小、脓肿大小有直接关系，因此建议一旦发生肛周脓肿应及早手术，在脓肿较小时手术切开，创面较小，愈合时间较短。
如因延迟治疗而形成巨大脓肿后，手术切口相对较大，愈合时间较长。因肛周脓肿手术切口是开放性切口，不能缝合，手术愈合时间长短与手术切口大小直接相关。手术切口越小，愈合越快，手术切口越大，愈合时间越长。小切口一般1个月内即可愈合，但与个人体质有一定的关系。有人切口长得快，愈合时间短。
如大切口，可能2-3个月都不一定能完全愈合，因此，肛周脓肿术后多久能好，与个人体质、手术切口大小、个人生活习惯有一定关系，熬夜、 抽烟、饮酒会影响刀口生长。