对于细菌性肝脓肿，患者常见的早期症状包括发烧，即体温升高，以及右上腹胀痛、上消化道消化不良、黄疸等表现。细菌性肝囊肿患者血液或胆汁内的细菌进入肝脏某部位，如肝叶、肝段，随着患者抵抗力下降而大量增殖，进而形成反应性炎症。由于肝脏的血液较丰富，随着患者抵抗力的增加，可能局限于某一处肝组织而形成包裹性炎症，炎症中心出现坏死、积液，进而患者会表现为发烧，体温达到38℃，甚至在39℃以上。
此外，患者可出现腹痛，通常由于脓肿侵犯肝脏被膜所致。另外，脓肿还会引起全身的炎性反应，进而消影响化道，出现进食后的饱胀 不适、食欲减退，部分患者可以表现为肝功能损害而出现黄疸。因此，当患者出上述现象后，应及早进行消炎对症引流，将脓肿坏死、积液引流，属于彻底治疗肝脓肿的办法。