华法林在临床上用来抗凝、抗血小板、抑制血栓形成，阿司匹林也是用来抑制血小板、预防血栓形成，但是两个药物的作用机制不同。华法林主要是通过抑制维生素K参与的凝血因子，来达到抑制血栓的作用。其实可以简单的理解为阿司匹林是抗血小板聚集的药物，而华法林是抗凝的药物。事实上，血栓形成的过程中也分布于两个系统，阿司匹林是通过抗血小板聚集达来到抑制血栓形成的系统，而华法林是抑制抗凝系统，血栓形成也就是依靠这两个系统。阿司匹林抗血小板的机制是通过抑制环氧合酶的生成，达到抑制血小板聚集及血栓形成，所以它跟华法林的机制不一样。
既然机制不一样，所以它们在临床的使用过程中也会有稍微的差别，比如华法林可以用来治疗房颤、深静脉血栓形成等，而阿司匹林是作为常规的抗动脉血栓形成。另外，两者在使用用法上还有差别，华法林的抗凝作用比较强，而且治疗窗比较窄 ，所以在使用华法林的时候要抽血检测INR比值，来调整华法林的剂量。但是常规使用阿司匹林的时候，不需要进行各种凝血酶原的监测。还要注意阿司匹林可能对胃肠道的刺激比华法林更强，阿司匹林最主要的不良反应也就是胃肠道出血，但是长期使用，它们都可能引起出血的症状，包括消化道出血、口腔黏膜出血等。