新生儿房间隔缺损的术后并发症主要如下：
1、外科手术首先考虑残余分流；
2、在房间隔缺损修补过程中可能存在传导系统的损伤，从而导致患者心跳减慢或异常；
3、房间隔缺损修补时与左房相通，修补完成后应充分排气，否则左房内残余气栓或血栓会对大脑造成损伤；
4、室上性心律失常：部分患儿术后会出现房性早搏、室上性心动过速；
5、患者心包存在迟发性积液；
6、伤口愈合时发生感染。
上述并发症在手术后均有发生的可能，但在技术成熟的大型心血管外科中心，随着术后监护、围手术期管理、体外循环管理、麻醉管理的逐渐完善以及外科手术技术的提高，手术成功率总体较高。