肝穿刺后一般不会留后遗症，肝穿刺一般是在超声或CT引导下进行的局部的肝组织的活检，通常是用比较细的穿刺针进行穿刺，创伤比较小，一般不会对肝脏的血管、胆道造成影响。所以穿刺本身是比较安全、微创的操作。临床上确实有少数患者在穿刺时可能会有并发症，比如因为穿到了相对比较大的血管，穿刺后可能出现腹腔内的出血，此时通常需要紧急的止血治疗。
还有可能穿刺到大的胆管，术后可能会发生胆瘘，同样也是需要进行处理。如果是针对肿瘤的穿刺，有可能在术后出现肿瘤细胞在腹腔内播散的情况。以上并发症相对都是临床上比较少见，所以当患者存在疾病需要进行肝脏穿刺时，应该找有经验的医生进行操作，只要在穿刺过程中不出严重的并发症，在远期一般都不会存在后遗症的问题。