直径＜5mm的卵圆孔分流血流量小，对心脏、肺结构以及功能不会有明显影响。缺损较大时，卵圆孔达到8-10mm，分流量大，则称为中央型房间隔缺损，需要手术修补或者介入治疗。患儿手术时机可以在幼儿期完成。
卵圆孔未闭为目前成人中常见的先天性心脏病，约有20%-25%的成人存在卵圆孔未闭。长期以来认为卵圆孔未闭不会引起两房间的分流或者分流量小，对于心脏的血流动力学并无影响。近年来许多研究表明，卵圆孔未闭与不明原因的脑卒中患者、减压病、偏头痛之间存在密切联系。因此，对5mm以下的卵圆孔，将其关闭有利于病人通过介入治疗进行根治。
研究表明，在一定人群中处理卵圆孔有处理指征，但必须严格限定手术适应证，一般儿童无需手术。但是当卵圆孔未闭引起的分流量大，患儿出现发育迟滞、反复肺炎、头痛、胸痛等临床症状时，可以进行卵圆孔未闭的封堵微创治疗。