对于抗生素的服用时间，取决于病情的轻重以及引起感染的细菌种类。若感染程度减轻，属于扁桃体炎、咽炎以及轻度皮肤感染等表浅的感染，则服用抗生素3-5天即可控制病情。
但对于较严重的感染，如肺炎、败血症、感染性心内膜炎以及泌尿系感染，如肾盂肾炎等，抗生素的服用时间相对较长。对于肺炎以及泌尿系感染，患者需服用抗生素1-2周。对于细菌感染性心内膜炎，患者服用抗生素的时间可能在4周以上。所以抗生素通常在患者症状缓解、病灶消除后即可停止服用。若肺炎的患者在服用抗生素后退烧，咳嗽、咳痰的症状缓解且经胸部CT或X光检查发现病灶已经吸收，则可以停止使用抗生素。