功能性下丘脑性闭经的诊断通常比较慎重，如果一旦有医生明确诊断了功能性下丘脑性闭经，其治疗的方法较多，但最合理的就是使用GnRH类药物。
GnRH类药物能够模拟下丘脑的功能，向垂体发送信号，垂体接收到信号以后，会分泌出相应的激素，即FSH(促卵泡激素)和LH(促黄体生成素)。随着外周血液循环，流到外周性腺，也就是卵巢、肾上腺，使其做出相应的反应，分泌雌激素，使患者出现月经周期。
GnRH类药物现在有一个比较好的给药方式，就是用GnRH泵，将药物装到一个泵里面，用针头连接到皮下，通过控制泵上的微电脑，可以实现脉冲式的分泌。一般可以90分钟分泌一次，模拟正常人的下丘脑分泌节律，让患者实现来月经。
如果没有条件使用GnRH泵，也可以用FSH和LH进行替代治疗，或用靶腺激素进行替代治疗。但对于功能性下丘脑闭经，建议用GnRH泵进行治疗，其治疗效果最 好。