B超检查可以初步筛查肝癌，但是确诊肝癌，需进一步明确肝癌的大小、数目、是否存在远处转移，以及和周围器官的关系，且对后续治疗起决定性作用。B超检查对腹部实质性脏器病变，有较高特异性和敏感性，尤其是肝癌。肝癌属于占位性病变，通过B超检查，可以发现相应的病变，但因为B超检查的局限性，可能导致相应肿瘤出现漏诊情况，如病变过小或位置较为隐匿等原因。
部分患者可能难以鉴别是血管瘤或肝囊肿，需进一步检查，包括血液指标检查，如血常规、肝功能和肾功能以及甲胎球蛋白。另外主要是予以肝脏增强CT或超声造影检查。目前常用的检查是肝脏MRI检查，包括磁共振普通增强、普美显增强。部分检查可以更为清晰地发现肝脏的病变，尤其较小的病变，目前包括全身PET-CT葡萄糖显像、Ga68-PET显像，可以判断肝脏疾病以及肝癌状态，还有是否出现远处转移等。