男性生殖器疱疹的症状为自觉包皮或者龟头有发胀感，发现上面有1-2个小红点，1-2天体积增大以及数量增多，变成小水泡并且比较容易破，局部可以有疼痛或者烧灼感。
通常初次发生的生殖器疱疹，可能7-8天会消失，再次发生4-5天会消失，此疾病无需用药物治疗会逐渐消失，属于自限性疾病。但是有反复发作的特点，通常反复发作时也有诱因，如劳累、熬夜、生气、情绪不佳或者着凉、感冒等，病毒会重新泛滥。
当患有生殖器疱疹后，通常此病毒不会在体内消失，其存在于骶尾神经节里面，当身体免疫力下降，则出来繁殖，在生殖器部位出现簇状分布的红斑或者糜烂。若在疾病发作时与别人发生性接触，可能传给别人的几率较大。