BK病毒情况下，要综合评估患者状态，决定是否进行肾脏移植。通常BK病毒血症，要先进行治疗，而BK病毒尿症可以根据情况进行肾脏移植。若处于BK病毒血症，一般不建议立即进行肾脏移植。通常在BK病毒血症转阴的情况下，再次进行肾脏移植，随后要密切观测体内BK病毒情况。
若为BK病毒血症，要进行相应处理，主要通过减少免疫抑制剂，依靠患者免疫力压制BK病毒，原因在于BK病毒血症会对新移植肾造成影响。现在大多数中心认为，单纯BK病毒尿症没有必 要进行较积极干预，一般只需观察即可。
BK病毒是在正常人的免疫状态情况下，一般年龄较小时，是隐匿性感染。当免疫力正常时，成人不会造成BK病毒感染。BK病毒感染，通常见于肾移植术后，免疫力较低下的情况下。若未处理BK病毒，未完全恢复情况下，进行第二次肾移植时，要进行综合评估。一般BK病毒尿症，对肾脏不会造成明显损伤，而BK病毒血症可能对移植肾造成损伤，引起BK病毒肾病。