右侧睾丸隐隐作痛的原因具体如下：
1、附睾炎：属于常见原因，疼痛可能与炎症相关；
2、右侧睾丸下降比左侧睾丸晚：结构上与左侧睾丸可能并不完全对称，有时会有扭转的情况，这种情况可能患者并没有注意。比如运动以后或睡眠或久坐以后，可能精索有不完全梗阻的情况下，也有睾丸的疼痛表现，这种情况比较好鉴别；
3、扭转：坐起来活动活动或原地跳一跳，抖一抖，如果疼痛能缓解，就是因为扭转所造成。
其他炎症如附睾炎或前列腺炎，请专科医生判别到底在局部或邻近器官有没有炎症。但多数情况下是以上三种情况引起右侧睾丸隐隐作痛，但是扭转情况要引起重视。