切除扁桃体没有明显的危害，扁桃体切除有严格的适应症，只在必要时才切除，通常是利大于弊才考虑扁桃体切除。
扁桃体是淋巴组织，咽部有丰富的淋巴组织，如舌扁桃体、腺样体、咽后壁淋巴滤泡等。所以切除扁桃体不会影响咽部的免疫功能，少数人术后可以出现咽部不适，考虑为瘢痕牵扯所致。
术后主张病人多吞咽、多说话、多喝水，让瘢痕充分地活动开，避免术后瘢痕收缩不适。扁桃体切除有严格的适应症，如扁桃体反复发炎，1年4次以上，会影响呼吸、吞咽、打鼾。
扁桃体上有扁桃体良性的肿瘤，会成为全身病灶，如白癜风、慢性肾小球肾炎、风湿性心脏病 、关节炎等。切除手术以后扁桃体不再成为病灶，从而有效地缓解上述症状。