感染性腹泻一般指进食比较脏的食物，导致细菌感染，使肠道出现炎症，而后出现腹泻。可以服用抗生素，如甲硝唑，一方面把外来的致病菌杀灭，可能对腹泻有控制。但如果服用太多抗生素，可能把肠道大多数的有益菌杀灭，杀灭后致病菌可能会增加，如艰难梭菌，甚至出现伪膜性肠炎，治疗非常困难。大多数人服用消炎药即可缓解，但部分身体抵抗力差的人，如果抗生素服用过多，会出现艰难梭菌感染导致腹泻，反而加重治疗难度。
临床建议服用相关益生菌制剂，增加有益菌，及时杀灭有害菌。如果腹泻厉害，可以配合服用易蒙停等，减少肠道分泌，对于疾病的控制更加有 效。但不是所有人均可通过服用抗生素治疗。