男性支原体、衣原体的检查优先建议以精液作为样本，通常采用手淫的方法，此外精液检查还可以化验患者精子的浓度、活力、畸形率等，以及其他细菌的检查，即患者可以留一次精液，进行多项检查。
支原体、衣原体的检查理论上也可用前列腺液检查，但前列腺液主要用于进行前列腺液常规的检查，取材方法是通过医生进行前列腺按摩后取出，但是前列腺液检查存在一定误差，而且因为部分患者无法耐受过程中的疼痛不适，因此临床上建议优先选择精液进行检查。
少数情况下可以通过尿液检查支原体、衣原体，但通常较少推荐。因为一次排尿量较大，易造成支原体、衣原体相对浓度较低，检查的准确性也会有所降低。