对于细菌感染性结膜炎，可使用抗生素眼药水，如妥布霉素眼药水，可控制炎症反应。对于病毒性感染结膜炎，需应用抗病毒眼药水，点药后3-5天医院复查，观察小孩病情是否减轻，观察有无其它方面表现，使眼睛早点痊愈。
部分小孩结膜炎可伴病毒性与细菌性混合感染表现，需两种药物联合应用，但两药需间隔5-10分钟使用。晚上需涂抹抗生素眼膏，也需要与眼药水间隔使用，点滴3-5天后，可到医院再次复诊、观察。儿童结膜炎包括过敏性结膜炎、病毒性结膜炎和细菌感染性结膜炎，年龄偏小宝宝出现过敏性结膜炎的情况并不多见，主要是病毒性结膜炎和细菌性结膜炎引起。