目前市面上主要有2种乙脑疫苗，分别是减毒乙脑疫苗和灭活乙脑疫苗，这2种各有优点和劣势。一般认为打减毒乙脑疫苗比较好，可以减少多次打针的痛苦，而且效果更加明显。
对于减毒乙脑疫苗，可能就是单次打疫苗的时候反应会比较明显，效果也相对比较好，打的次数可以比较少，短期内就容易形成预防的作用。
而灭活乙脑疫苗，单次的影响会比较小，反应比较少，因为灭活乙脑疫苗已经相当于一种死的病毒，产生的反应会比较小。但需要打的次数会比较多，要反复打才能产生抗体。
所以，对于疫苗的选择，灭活乙脑疫苗会比这种减毒乙脑疫苗的效果较差，需要打更多次才能产生这种免疫反应，但单次的副作用会比这种减毒乙脑疫苗的副作用小。从长期来看，灭活乙脑疫苗反而增加小孩子多次打针的痛苦。