甲状舌管囊肿是患者先天性残留甲状舌管未闭而形成的囊腔，不会自己消失。但甲状舌管囊肿存在管腔通到咽腔，可能会增大或缩小，部分患者突然发现存在囊肿，但数月后囊肿缩小，是由于囊肿中存在感染，但囊液存在退缩的过程。此时并非囊肿消失，而是囊腔中的分泌物减少使得囊肿暂时缩小，此时存在复发的可能性。
甲状舌管囊肿并非恶性肿瘤，患者可以继续观察，若囊肿不停变大、缩小或伴有感染，临床上建议进行手术切除。此外，部分患者的甲状舌管囊肿较小，仅可在查体中被发现。此时患者可到医院就诊并进行CT或B超检查，若未出现任何症状也可以考虑继续观察，而无需进行特殊治疗。