门静脉血栓形成是相对严重的并发症，临床医生应针对血栓形成的不同阶段，给予相应治疗。门静脉血栓形成的治疗，主要包括急性期的溶栓与抗凝处理，以及针对慢性期的并发症控制，具体如下：
1、溶栓处理：在门静脉血栓形成初期，此时可通过积极的溶栓治疗，有可能使血栓重新溶解，让门静脉再通。可借助于增强CT，以及其他检查的指标，对门静脉血栓进行评估，在有指征的情况下，积极进行溶栓处理，并通过抗凝药物，维持治疗；
2、抗凝治疗：当门静脉血栓形成时间较久，已经发生机化时，用溶栓处理效果不大，此时可继续应用抗凝治疗，来控制血栓形成的进展。同时对门静脉血栓形成可能导致的并发症，进行评估；
3、控制并发症：可通过化验血常规、凝血等检查，判断患者的凝血功能状态、脾功能亢进程度。通过做胃镜检查，了解患者门脉 高压导致的食管胃曲张血管情况。再针对此类情况，必要时进行处理，预防相关并发症的发生。