离子束术后常见的后遗症为出现皮肤表面的破溃，后续破溃会形成表面的结痂。如果护理得宜，差不多1周左右痂就会自然脱落。有些患者在结痂期因为痒或者不适感去抓挠创面，就会形成新的2次创伤、继发感染，最后留下较明显的色素沉着及新的瘢痕。
除了皮肤破溃结痂以外，离子束治疗之后还会出现皮肤痒、肿，以及新生的增生表现，该表现大概会经过1-2个月，甚至有些患者时间较久到3个月的时间才会逐渐消失，痒的感觉会越来越弱，皮肤到2-3个月时其厚度就已经较稳定。过程中需要患者注意防晒，如果防晒做的不到位，在离子束之后创面会出现较明显的色 素沉着表现。