引起肺部感染的致病菌包括细菌、非典型病原体，比如支原体、衣原体、军团菌，还有病毒，像呼吸道合胞病毒、腺病毒和流感病毒，还有真菌。非典型病原体、支原体、衣原体和病毒最容易相互之间传染。肺部真菌的感染最少发生传染，肺部真菌感染最常见是曲霉菌、念珠菌和隐球菌，都属于条件致病菌，即机会性真菌，一般对人体病原性比较弱，在人体健康或者正常情况下不致病，只有在人体免疫力下降的情况下才会出现致病性。
健康人群对真菌有抵抗力，可以非常明确的是在健康人群当中，肺部真菌感染没有传染性，但是，对于免疫力功能下降的患者，需要注意防护，易感人群包括肺结核、糖尿病、艾滋病 、长期服用糖皮质激素和免疫制剂、严重营养不良烧伤的患者。如果患者明确诊断为肺部真菌感染，需要及早进行抗真菌治疗，重症患者需要经验性抗真菌治疗。