一般早期肛管腺癌患者术后5年生存率可达90%以上，进入晚期或存在远处转移，其5年生存率一般不超过50%。肛管腺癌生存时间与发现时间，与肛管腺癌是否处于早期有密切关系。对于肿瘤性疾病，早发现、早治疗成为提高治疗效果的重要手段。
肛管腺癌由于位于肛门外口，临床上不难被发现。摸到肿物或排便出现明显便血可通过肛门镜，甚至用手便可触摸到肿物。肿瘤性疾病可通过肠镜或肛门镜取活检，将活检标本送至病理科进行检查。一旦明确为恶性病变，应积极进行手术切除，在术后根据病理分析明确是否需放疗、化疗等综合疗法，可更好提高肿瘤切除术 后治疗效果。