通常情况下萎缩性胃炎需进行病理诊断，即由病理科医生根据在胃镜下取活组织进行化验，确定黏膜萎缩的程度及有无合并肠上皮化生，再做出相应诊断，比如萎缩性胃炎为轻度、中度或重度。其他有无合并肠上皮化生等情况，可能还需病理医生根据胃黏膜组织进行相关判断。
内镜医生也可以通过胃镜进行相关诊断，可能发现患者胃黏膜与其他正常胃黏膜相比，存在相对萎缩的表现，即胃黏膜可能较正常红润色泽更显得白象较多。还可能表现为胃黏膜表面不光滑、凹凸不平，此时内镜医生可能会做出内镜判断，比如伴慢性萎缩性胃炎，属于轻度、中度或重度，需正视萎缩性胃炎程度。