儿童晨跑的最佳时间是在日出后的0.5小时后，因为太阳没有露出来前，大气层中二氧化碳会出现反流，此时空气质量较差，晨跑并不利于儿童吸收较多氧气。在太阳升出后0.5小时左右，空气质量会逐渐提高，二氧化碳逐渐上升，空气含氧量相对较高，这时晨跑可以让儿童在晨跑过程中吸入较多的有益气体，利于改善肺活量，提高机体运动机能，改善抵抗力和免疫功能。
儿童在晨跑时要注意循序渐进，不同儿童晨跑时间长短不同，儿童越小晨跑时间越短，6-7岁儿童建议晨跑时间为5-10min，7-8岁儿童可以增加至10-15min。随着儿童年龄的增加以及运动耐力的提高，可以逐渐增加晨跑时间，但不建议1次运动量过大，以免造成肌肉或韧带损伤。