肠镜检查既可以做普通肠镜，也可以做无痛肠镜。从医生的角度而言，两种检查对疾病的诊断效果没有区别。无痛肠镜可以麻醉，患者在睡着的状态下进行，没有做肠镜的不适体验。对肠镜耐受较差或胆小的患者可以选择无痛肠镜，大部分人可以接受普通肠镜检查。部分麻醉高危人群不能接受麻醉，只能做普通肠镜。
在做普通肠镜时，患者的主要感受是肠胀气，因为医生会向肠内打气，使肠黏膜皱襞撑起，才能将内部观察清楚。另一方面，肠的走行有较多拐弯部位，肠镜通过拐弯部位时会引起不适，但患者基本可以耐受。肠镜打气造成的腹胀，通常退镜时会尽量帮患者将肠道内多余气体吸出，气体吸出后相应症状就会缓解，做完肠镜也可以到厕所内排气，症状也会消失。