引起指甲凹陷的原因很多，可以分为全身性因素和局部性因素两大类。
一、全身性因素：
1、营养不良：缺乏维生素、微量元素所导致，如缺钙或者缺乏维生素A等，可引起指甲生长异常，出现凹陷；
2、贫血及心肺疾病：有些贫血或心肺疾病可以导致指甲的甲母质细胞生长异常，引起甲板凹陷。
二、局部性因素：
1、皮炎、湿疹：如指甲周边存在皮炎、湿疹，可以导致指甲生长受影响而出现凹陷；
2、银屑病：指甲周边有银屑病，可以在指甲上出现很多点状的小凹陷，称为顶针甲，是比较常见的现象；
3、局部外伤：如果指甲有局部外伤，包括咬指甲等，可以导致指甲变形，出现凹陷；
4、小肿物：指甲根部如果有小肿物，如寻常疣或甲周的黏液囊肿、纤维瘤等，压迫指甲根部的甲母质，可以在指甲上面形成凹陷；
5、真菌感染：引起的灰指甲、甲癣，部分可以造成甲板破坏，形成凹陷。