甲状舌管囊肿不严重。甲状舌管囊肿的发生率不低，是一种先天畸形，出生后就存在的病变，囊肿一部分连在舌骨上，在甲状软骨和舌骨之间。女性发病率较高，男女发病比例在2:1左右，通常在青壮年时期就会发现。在囊肿没有感染、大小情况不变时观察即可，如果囊肿逐渐增大而出现囊肿感染、局部发红的表现时，需要手术治疗。
不一定发现甲状舌管囊肿时就需要手术治疗，如果病人需要手术，要将局部囊肿在舌骨上的附着点完整切除。正规操作上需要用咬骨钳，将根部在舌骨上切除干净，手术后的复发率相对较低。甲状舌管囊肿并不严重，多数情况下，这类先天畸形仅通过观察即可。