免疫组化是病理诊断的一项辅助检查技术，具体到某疾病诊断是否需做免疫组化检查，需在病理医师观察常规染色切片后做出选择。
仅在依据组织形态学对疾病做出准确诊断困难时、恶性肿瘤风险分类、临床提供靶向治疗或预后判断依据时，才需做免疫组化。单纯免疫组化不能对疾病作出最终诊断，需由病理医师结合形态学综合判断。
免疫组化并不能解决所有上述问题，有些疾病诊断需进行分子检测。
如淋巴瘤要得到精准诊断，除需进行免疫组化外，还需进行分子检测。乳腺癌免疫组化检测Her-2是(3+)时，可直接应用靶向药物赫赛汀治疗，如Her-2是(2+)时，则需进行分 子检测，进一步明确是否适合赫赛汀治疗。