中药黄柏的副作用主要是因为其为偏寒药物，因此若本身体质偏寒，服用黄柏易造成偏寒更严重，出现不适症状。因为黄柏本身具有清热、燥湿，此外有一定的清虚热作用。三黄片、黄连、黄芩、黄柏等药物一般具有清热作用，三焦一般可能用黄芩、中焦用黄连、下焦用黄柏来清虚及清热。
若本身体质偏寒，尤为脾胃寒较重，服用药物时间较长，可能会出现偏寒加重，脾胃愈发虚寒等表现。同时黄柏亦有清虚热作用，如知柏地黄丸，其由肾阴虚造成火旺，出现相火妄动，导致出现烦躁、失眠、频繁遗精及手、足、心热。此类表现都为肾阴虚、火旺造成，用知柏地黄丸有较好 的滋肾阴、清虚热作用。黄柏主要作用为清热作用，因此若为寒性体质，需注意服用时，观察是否会影响自身体质。