食管癌手术后病人在短期内有一段时间经常会出现咳嗽，一般常见的原因是麻醉刺激。因为手术时间较长，而现在都是吸入性麻醉，是全麻的插管，对气管是一种损伤，所以会造成病人的刺激性咳嗽。
此外，患者可能存在肺部炎症，肺部炎症也是造成病人术后咳嗽的原因。还有的病人可能会出现长期咳嗽，而这类病人往往有反流的情况。胃液是酸性的液体，切除食管后吻合口并没有开闭的功能。正常情况下胃内存在贲门，贲门只允许东西下行，而不允许东西向上反流。手术将贲门破坏，所以胃液有时会反流到食管，进而反流到咽部，也是造成病人长期出现慢性咳嗽的原因。
现在管状胃的应用已经降低了胃液反流，但很难保证所有的病人均不出现这种情况。因此需要应用药物治疗，如抗酸药物。此外，病人需保持一定的体位，并且进食时不能过量，从而达到控制咳嗽的目的。