甲减的治疗比较简单，治疗后可以恢复甲状腺功能，坚持用药可以使患者恢复正常生活，但一般不能彻底使患者抗体水平恢复正常。甲状腺功能减退症是临床常见的疾病，病人甲功低、甲状腺抗体高、抗过氧化物酶抗体高，由于过高的抗体损伤甲状腺，代偿不足时可以出现甲减。
治疗主要针对甲减，通过补充甲状腺激素进行治疗。目前常用药物为左旋甲状腺素，比如商品名为优甲乐的药物，经过治疗可以把甲状腺功能恢复到正常水平，消除甲减的症状。但是化验中甲状腺抗体水平的升高，通过药物治疗无法改善。目前降低抗体水平的治疗，药物 治疗难度比较大。