脑梗死和脑血栓基本一致，但在外涵和内涵上有稍许差别。
脑梗死可能更倾向于临床专业名词，是指各种原因，如心脏、胸、颈部、大动脉的原因等，也可能为脑血管自身原因，也可能为血液系统原因或血浆方面异常，造成脑部血流动力学紊乱，脑组织缺血、缺氧，从而导致脑组织坏死等一系列临床综合征，病变范围和引起相关疾病非常广。
而脑血栓，目前已较少使用，脑血栓有两个含义，首先为外来血栓，较多脑部梗死的血栓来源为外源，如心脏房颤、心脏瓣膜病，都可在心脏形成血栓，血栓顺着血液到达脑部，则形成脑血栓。
其次为脑部血栓，如上游动脉硬化或狭窄，因各种原因造成斑块脱落到达远端，形成远端血栓，也称为脑血栓。因此脑梗死是更专业化的名词，脑血栓是比较非专业的特指性名词。