通常头颅CT与颅脑磁共振区别主要如下：
1、成像原理：头颅CT主要反应组织密度，包括高密度与低密度病灶。而头部核磁依据不同序列，可进行不同组织检查，比如T1加权像，主要观察脑部结构、解剖，T2加权像主要观察病灶，而DWI可以区分新发病灶、血管成像与磁敏感成像；
2、扫描时间：头颅CT只有一个成像序列，检查时间较快，3分钟左右可以完成扫描。而对于头颅磁共振，普通头颅磁共振平扫大致序列有5个，进行扫描时间较长，如果再加血管成像序列，大致需要20-30分钟；
3、禁忌症：头CT检查存在辐射，对于怀孕、备孕患者不建议使用。而对于颅脑核磁而言，有幽闭恐惧症或体内存在金属患者，无法进行核磁检查；
4、病变敏感程度：头颅CT与颅脑磁共振，对于不同病变敏感程度有所不同。