碘伏对扁平疣没有明显的治疗效果。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的一种常见的病毒性皮肤病，主要表现为面部、手背部等处出现扁平的丘疹性损害。一般是采取物理治疗，比如激光、冷冻，或者使用抗病毒药物，比如干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏或5-氟尿嘧啶乳膏等，对扁平疣有一定治疗作用。
碘伏的主要成分是单质碘和表面活性剂的络合物，是用于皮肤表面的消毒剂，可以杀死皮肤表面的细菌和病毒。对于扁平疣而言，病损表面有一层比较厚的角质层，碘伏外擦较难穿透，所以起不到较大的治疗效果。扁平疣中的人乳头瘤病毒，从表皮的基底层一直 到表皮的颗粒层、角质层均有分布，所以使用碘伏外擦只能杀灭扁平疣表面的病毒，对深层病毒没有杀灭作用，建议采取规范的物理疗法或抗病毒药物进行治疗。