HPV存活时间根据温度和潮湿程度有所区别，HPV的抵抗力及生存能力较强，可耐受长期干燥，需要通过加热、福尔马林处理、2%戊二醇消毒的方式灭活。HPV在室温20℃左右的条件下，可以在马桶上存活3-7天，在-20℃的低温环境可存活2-5个月，在55-60℃情况下会快速发生变质而灭活，所以在使用公共场合的马桶时需要注意防护和消毒。
多数消毒液可有效杀灭体外HPV，减少接触传播的途径。一般被污染的衣物、床单、被罩等通过用消毒剂浸泡或者是加热煮沸消毒，可以防止HPV感染。另外，不洁性生活也是传播HPV的常见途径。