确诊手足口病要做咽拭子、肛拭子以及血液等检查，查肠道病毒和核糖核酸检测。若阳性可以确诊或者做血清肠道病毒检测，IgM抗体阳性也可以确诊，或者在恢复期相应病毒的中和抗体和急性期相比呈四倍以上的升高也可以确诊。
手足口病主要发生于五岁以下小孩，特别是三岁及以下小孩常见，全年四季均可发病，但是5-7月份是高峰期，若七天内或者七天左右接触手足口病患儿，或者间接接触也可以被传染。这期间会出现发热、皮疹，主要表现为手、足、口、臀部出现斑丘疹、疱疹或丘疹，可以做出临床诊断。
但个别患儿可以没有发热，皮疹也不典型，可以出现大腿内侧、膝关节、肘关节等处，个别严重手足口病毒感染也可以出现大疱疹。