人的颅神经一共有12对，三叉神经是第5对颅神经，周围支分布在面部，而三叉神经的主要功能是将面部感觉传导到大脑。三叉神经还有一部分纤维支配咀嚼肌运动。三叉神经的感觉神经在受到刺激后会传导到大脑，就感觉疼。
三叉神经疼可以分为原发性三叉神经疼和继发性三叉神经疼。其中原发性三叉神经疼以往认为找不到原因，没有病理改变。但近些年来的研究显示有一部分患者是由于颅内有小的异常血管团或者动脉硬化斑块压迫三叉神经根部或三叉神经纤维。
由于脱髓鞘产生的异位冲动而引起疼，神经髓鞘就像是电线外皮，髓鞘脱失后就会使电线外露，特别容易受到外界刺激而引起疼。