胃镜全麻基本没有危害，患者做胃镜检查时会不舒服，更多是精神恐惧以及不适感，少部分患者可能会出现疼痛。随着现在医学的发展，对于胃镜检查，大家都会选择舒适化医疗，采取全身麻醉，即无痛胃镜。所谓无痛是麻醉医生施行全身麻醉，麻醉医生掌握的是麻醉技术，以及对患者生命的保护，对患者来讲基本没有危害。
危害主要来自于胃镜麻醉要控制患者呼吸，而呼吸和胃镜共用口腔口咽部的通道。当患者处于饱胃状态时，因疾病状态导致收缩功能不佳的情况下，可能存在较多胃液，再加上胃镜检查刺激，可能发生恶心、呕吐，回吐上来的胃液可能对呼吸道产生强酸化 学性炎症，应予以避免。尤其是在胃镜下手术治疗时，长时间的治疗一定要将气道和胃镜进行隔离，但现在麻醉方法较多，因此大家无需担心。