咳嗽是人体为了清除呼吸道异常分泌物而采取的保护性反射动作，它可以是生理性的正常现象，也可以是病理性的原因。很多人早上醒来咳嗽是因为经过一夜的时间，呼吸道里积了很多分泌物，早晨因体位改变引起反射性的咳嗽，将体内的分泌物排出体外，这是人体的正常生理现象。
其它的病理性原因，如上呼吸道感染、急性咽炎、支气管炎、肺部感染等均可出现早晨起来咳嗽。除此之外，部分长期主动或者被动吸烟的人群，也可出现早上醒来咳嗽的现象，这类病人日常生活中要注意避免主动或者被动吸烟。所以当出现早上醒来咳嗽的现象时，还要看有没有其它相关的伴 随症状，如有无发热、咽痛、咳痰、畏寒等，以进行综合判断。