胎停育清宫的最佳时间是患者一旦发现胎停育，应该积极就诊，尽早行清宫手术，避免对后续生育造成更大的影响。通常患者发现胎停育时，胚胎停止发育已经有一段时间，停止发育的胚胎在体内如果没有自行排出，胚胎组织可能坏死、机化。
胚胎坏死的过程中，可能释放大量凝血因子，导致患者凝血功能障碍，可能存在出血等表现而增加感染风险。胚胎机化过程中，与子宫宫壁、子宫内膜附着更为牢固，会增加清宫手术的风险，导致清宫手术中子宫穿孔、出血，以及无法完全清除的风险增加，可能会影响患者下一次怀孕。
部分患者发现胎停育后不愿进行清宫手术，虽然 胚胎可能自然排出，但是医生建议不应等待过长时间。如果患者发现胎停育时，胚胎与正常孕周相比无明显差别，可以等待1周，如果胚胎无法自然排出，患者需要通过清宫手术进行治疗。如果患者发现胎停育时，孕囊和胚胎大小和实际孕周相差2周以上，证明胚胎停育已经存在一段时间，这时患者需要积极进行处理，避免对后续再次怀孕造成更大影响。