心脏封堵术坏处确实不多，也没有什么特别的坏处。如果真要说坏处，只能从心脏封堵术可能出现的并发症来说，具体如下：
1、封堵器脱落：心脏封堵术最多的是先天性心脏病的封堵，先天性心脏病封堵比较多的并发症是手术中封堵器脱落，一旦出现封堵器脱落，可能往往面临开胸来将其取出，这是一个手术中可能遇到的并发症；
2、影响传导束：即不是所有心脏病封堵都会遇到的并发症，有的心脏病如室间隔缺损封堵了以后，可能会影响传导束。每个人心脏里面都有传导束，就在封堵器，也就是室间隔缺损旁边，封堵上以后可能会影响，当然外科手术也可能会影响，只不过封堵手术的发生率略微高一点；
3、心脏磨损：也有报道称封堵器有很少的概率引起心脏里面的磨损；
4、房颤和房室传导阻滞：房间隔缺损封堵以后，也有报道称远期房颤的 发生率会高一些，房室传导阻滞可能也会发生，这都是很低的发生率，只是有这些报道。
总体上心脏封堵手术是一个很安全、优秀的手术，相比外科手术又没有开刀，也没有什么大的并发症，在国外现在也是首选的手术方式。所以患者对于心脏封堵手术的坏处不用去想那么多，主要可能有一些并发症，手术前医生也会清楚，并发症的发生率都很低，有的0.1%，有的0.01%。