抗甲状腺过氧化物酶抗体升高常见于自身免疫性甲状腺疾病，还可以见于某些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等疾病。甲状腺过氧化物酶主要是在生物合成T3和T4的过程中催化甲状腺球蛋白酪氨酸碘化。
甲状腺过氧化物酶抗体起到直接对抗甲状腺过氧化物酶的作用，是甲状腺组织的自身抗体。甲状腺过氧化物酶抗体与自身免疫性甲状腺疾病的发生发展密切相关，也是诊断自身免疫性甲状腺疾病的首选指标。
因为甲状腺过氧化物酶抗体的灵敏性、特异性最好，所以更可靠、更有临床意义。甲状腺过氧化物酶抗体升高主要见于慢性自身免疫性甲状腺炎，又可分为慢性淋巴细胞性甲状腺炎、无痛性甲状腺炎以及产后甲状腺炎。
另外，抗甲状腺过氧化物酶抗体升高还可见于Graves病，也称为毒性弥漫性甲状腺肿，是甲亢的最常见原因。