桥本甲状腺炎如果只是单纯出现抗体增高，甲状腺功能正常，绝大部分患者均无需进行特殊治疗，只需要定期复查甲状腺功能即可。如果复查后出现甲状腺功能异常，例如出现促甲状腺激素(TSH)增高，增高至10μU/ml以上，无论有无怕冷、乏力、浮肿等临床表现，都需要应用甲状腺激素进行替代治疗。左甲状腺素替代治疗一般都是从小剂量开始，逐渐加量至完全能够替代剂量，使甲状腺功能维持在正常范围。
桥本甲状腺炎所导致的甲状腺功能减退大部分需要终生应用甲状腺激素替代治疗，如果只是TSH高于正常值，但没有超过10μU/ml，同时无任何临床症状可以不用激素替代治疗，以观察为主，定期复查甲状腺功能，根据结果再决定下一步治疗。